2000's
2009
- 11.23
- 장현운 총장 본교 장학재단 설립기금을 출연하다.
- 07.22
- 장현운 총장 도서관 부지 헌납하다.
- 04.15
- 평신도대학원 총동문회 자격 발족식을 갖다.
- 03.01
- 3대 총장에 장현운 목사가 취임하다.
2008
- 12.10
- 4대 이사장에 이성만 장로가 취임하다.
2007
- 06.01
- 민들레공동체와 선교협약을 체결하다.
- 04.13
- 덕천교회와 협력하여 특수교육과 장애아동 전문교육기관인 "와스쿨"을 개원하다.
- 03.05
- 모스크바 장로회신학대학과 자매학교협정을 체결하다.
2006
- 05.10
- 사회복지법인 굿네이버스와 산학협력을 체결하다.
- 05.04
- 부산 산성교회와 선교협약을 체결하다.
- 04.27
- 사회복지법인 양지재할원과 산학협력을 체결하다.
- 02.27
- 대학원 설립(신학과, 입학정원 7명), 목회대학원 설립(신학과, 입학정원 18명)
2005
- 12.28
- 본교부설 평신도대학원을 설립하고 초대원장으로 안신이 장로를 선출하다.
- 10.06
- 신설대학 대학종합평가를 실시하여 인정평가를 받다.
- 03.28
- 한동대학교와 자매결연(학술교류협정)을 체결하다.
- 02.24
- 3대 이사장에 이성만 장로 그리고 2대 총장에 신동작 박사가 취임하다.
2004
- 02.26
- San Francisco Theological Seminary와 MOU체결하다.
2003
- 10.28~30
- 부산장신대학교 50주년 기념행사를 하다.
- 03.01
- 대학정원조정으로 사회복지학과를 신설하다. (신학과 30명, 사회복지학과 20명)
2002
- 10.30
- 교육부로부터 신학대학원 설립 인가를 받다. (신학과)
2001
- 09.18
- 제86회 총회로부터 총회직영신학대학으로 허락을 받고 신학대학원 (신학과 50명, 목회연구과 50명)의 설치를 허락받다.
- 09.08
- 교육부로부터 특수교육과 인가를 받다. (입학정원 20명)
2000
- 12.16
- 2대 이사장에 정종성 장로 그리고 초대 총장에 김창인 박사가 취임하다.
- 11.29
- 교육부로부터 부산장신대학교 설립을 인가 받다. (신학과 입학정원 50명)